Effects of forest fragmentation on mouse lemur relatedness and genetic structure in NW Madagascar

Lehman, Shawn, M.; Ramsay, Malcolm; Andriatsitohaina, Bertrand; Kiene, Frederik; Rakotondravony, Romule; Barratt, Chris; Radespiel, Ute

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Effects of forest fragmentation on mouse lemur relatedness and genetic structure in NW Madagascar

Lehman, Shawn M.; Ramsay, Malcolm; Andriatsitohaina, Bertrand; Kiene, Frederik ; Rakotondravony, Romule; Barratt, Chris; Radespiel, Ute

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Animals living in fragmented landscapes generally have reduced opportunities for dispersal between isolated habitat patches. However, it is important to study the species-specific effects of habitat loss and fragmentation, since connectivity across an open matrix is not uniform between species. In this study we examined patterns of relatedness and genetic structure in two congeneric mouse lemur species (Microcebus murinus and M. ravelobensis) to infer dispersal and connectivity in two fragmented dry forest landscapes in northwestern Madagascar. We generated genomic data for 113 M. murinus and 108 M. ravelobensis individuals using RADseq markers. We then calculated dyadic relatedness using NGSrelate/VCFtools and modelled genetic diversity using Estimated Effective Migration Surfaces. Ecological determinants of genetic diversity were explored using General Additive Models. Related M. ravelobensis were spatially clumped (< 200 m of each other) whereas related M. murinus were found up to 1000 m apart. In M. ravelobensis, inbreeding was negatively related to edge percentage (P<0.001). In M. murinus, inbreeding related negatively to a combination of ecological effects in small fragments (P<0.05). Our results suggest that these speciesare responding differently to habitat fragmentation, and that the relatively higher vagility of M. murinus may facilitate and explain their wide representation in fragmented landscapes.

Los animales que viven en paisajes fragmentados generalmente tienen oportunidades reducidas de dispersión entre parches de hábitat aislados. Sin embargo, es importante estudiar los efectos de la pérdida y fragmentación del hábitat específicos de cada especie, ya que la conectividad a través de una matriz abierta no es uniforme entre especies. En este estudio examinamos patrones de parentesco y estructura genética en dos especies congenéricas de lémur ratón (Microcebus murinus y M. ravelobensis) para inferir la dispersión y la conectividad en dos paisajes de bosque seco fragmentados en el noroeste de Madagascar. Generamos datos genómicos para 113 individuos de M. murinus y 108 M. ravelobensis utilizando marcadores RADseq. Luego calculamos la relación diádica utilizando herramientas NGSrelate/VCF y modelamos la diversidad genética utilizando superficies de migración efectiva estimadas. Se exploraron los determinantes ecológicos de la diversidad genética utilizando modelos aditivos generales. M. ravelobensis relacionados estaban agrupados espacialmente (<200 m entre sí), mientras que M. murinus relacionados se encontraron a una distancia de hasta 1000 m. En M. ravelobensis, la endogamia se relacionó negativamente con el porcentaje de borde (P<0,001). En M. murinus, la endogamia se relacionó negativamente con una combinación de efectos ecológicos en pequeños fragmentos (P<0,05). Nuestros resultados sugieren que estas especies están respondiendo de manera diferente a la fragmentación del hábitat, y que la vagilidad relativamente mayor de M. murinus puede facilitar y explicar su amplia representación en paisajes fragmentados.