Taxonomische Einordnung und phänotypische Charakterisierung der Bifidobacterium pseudolongum-Gruppe aus Rinderfäzes und anderen Herkünften

Bifidobakterien sind Gram-positive, anaerobe Bakterien, die natürlicherweise im Gastrointestinaltrakt von Mensch und Tier vorkommen. Eine im Darm vieler Tierarten dominierende Spezies ist Bifidobacterium (B.) pseudolongum. Innerhalb dieser Spezies sind neben zwei Subspezies, B. pseudolongum ssp. pseudolongum und B. pseudolongum ssp. globosum, auch Stämme einer Zwischengruppe beschrieben, die sich keiner der beiden Subspezies eindeutig zuordnen ließen. Ziel dieser Arbeit war die weitere Charakterisierung der B. pseudolongum-Gruppe und die taxonomische Einordnung ihrer Vertreter. Präsumtive Bifidobakterien wurden aus den Fäzes von Rindern (34 Tiere von vier Standorten) aufgrund morphologischer Eigenschaften mit Hilfe von Selektivnährmedien isoliert. Die Zuordnung der Isolate zum Genus Bifidobacterium erfolgte über den Nachweis des Enzyms Fruktose-6-Phosphat Phosphoketolase. Eine repräsentative Auswahl der Isolate wurde mit Hilfe von API®-Systemen und einem Nährboden mit 4,5 % Natriummalat-Zusatz phänotypisch charakterisiert. Zur Klassifizierung wurden die Isolate mit weiteren Stämmen (Typ-, Referenz- und Feldstämme des Genus Bifidobacterium, Stämme der Zwischengruppe) einer Clusteranalyse unterzogen. Als genotypisches Merkmal wurde der Gehalt an Guanin-Cytosin (GC)- Basenpaaren der genomischen DNS von einer stichprobenhaften Auswahl an Stämmen bzw. Isolaten bestimmt. Aus den Fäzes von 79 % der untersuchten Rinder konnten Bifidobakterien isoliert werden. Bei diesen Tieren handelte es sich ausschließlich um laktierende Milchkühe. Dagegen konnten in den Fäzes einiger nicht-laktierender Rinder keine Bifidobakterien gefunden werden. Aus der Clusteranalyse ging hervor, dass die Isolate in den untersuchten Merkmalen tier- und betriebsunabhängig sehr homogen sind. Der größte Teil der Isolate (96 %) wurde als B. pseudolongum ssp. globosum klassifiziert. Die übrigen Isolate wurden als B. ruminantium oder B. minimum klassifiziert bzw. konnten keinem Cluster zugeordnet werden. Die Stämme der Zwischengruppe wurden als B. pseudolongum ssp. pseudolongum klassifiziert. Durch die Bestimmung der GC-Gehalte konnte die Klassifizierung der Isolate nicht in jedem Fall bestätigt werden, sodass weitere genotypische Methoden zur Bestätigung eingesetzt werden sollten. Mit den in dieser Arbeit verwendeten Methoden kann das Vorhandensein einer Zwischengruppe innerhalb der Spezies B. pseudolongum weder ausgeschlossen noch bestätigt werden. Hierfür sind weitere Untersuchungen mittels genotypischer Methoden und an anderen Tierarten nötig. Die Studie konnte aber zur Mikroökologie und phänotypischen Charakterisierung der B. pseudolongum-Gruppe wichtige Erkenntnisse beitragen, insbesondere auch zum Vorkommen bei der Kuh.